Анаїт Хоперія обійняла посаду виконувачки обов’язків керівника Центру протидії дезінформації, що діє при Раді національної безпеки і оборони України. Протягом 2015–2016 років вона працювала помічницею міжнародного експерта при НАБУ. У період з 2018 по 2019 рік була головною спеціалісткою Департаменту міжнародних спорів Міністерства юстиції. Протягом наступних двох років працювала державредницею-інспекторкою у Департаменті правового забезпечення Державної податкової служби України. У 2020–2021 роках Анаїт Хоперія відповідала за напрям міжнародної співпраці в Департаменті інформаційної політики та зв’язків з громадськістю АТ «Укрзалізниця». До команди Центру протидії дезінформації РНБО України вона приєдналася у червні 2021 року, де спочатку обіймала посаду менеджерки з міжнародної співпраці, згодом перейшла на керівні посади, зокрема працювала заступницею керівника та очолювала Департамент протидії інформаційним загрозам національній безпеці.
Анаїт Хоперія очомила Центр протидії дезінформації